Theo sử liệu thì nguyên nhân triều đình Tự Đức phải ký kết hiệp ước là vì lúc đó ở Bắc Kỳ có các cuộc nổi dậy đang đánh phá dữ dội (đáng kể nhất là của: Tạ Văn Phụng và Cai Tổng Vàng, Nông Hùng Thạc)...mà trong Nam Kỳ thì thực dân Pháp đã đánh chiếm được bốn tỉnh là: Gia Định, Định Tường, Biên Hòa và Vĩnh Long[4].

Sau khi so sánh hai mối nguy, triều đình Tự Đức bèn sai Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp vào Sài Gòn giảng hòa với thực dân, để có thể đưa đại quân ra tiêu diệt các cuộc nổi dậy ở đất Bắc đang uy hiếp ngai vàng của dòng họ Nguyễn[5].